改行コードだけを変える

nkf --overwrite -wW -Lu file

で変えてるのですがこれだとファイルの文字コードを指定しないといけなくてめんどくさい(指定しないと文字コード判別に失敗して化けることがある。ファイルの後のほうになって日本語が交じってるのとかに弱いみたい)のです。みなさんどうやって変えてるのでしょうか。